Balai Budidaya laut batam merupakan bagian dari Departemen Kelautan dan Perikanan dibawah langsung dirjen Perikanan budidaya.Loka Budidaya Laut Batam berdiri sejak tahun 1986 dengan nama Stasiun Budidaya Laut yang berkantor di Tanjung Pinang, Tahun 1990 berganti nama menjadi Sub Balai Budidaya Laut yang berkantor di Tanjung Riau Sekupang Batam.
Pada Tahun 1994 sesuai dengan Surat Keputusan Menteri Pertanian Nomor : 347/KPTS/OT.210/5/94 tanggal 06 Mei 1994, Sub Balai Budidaya Laut berganti menjadi Loka Budidaya Laut, lalu disempurnakan dengan SK Menteri Eksplorasi Laut dan Perikanan Nomor : 64 Tahun 2000 tanggal 31 Juli 2000 kemudian disempurnakan lagi dengan surat Keputusan Menteri Kelautan dan Perikanan Nomor : KEP.26 C/MEN/2001 tanggal 01 Mei 2001.
Pada Juni 2002 Loka Budidaya Laut Batam menempati lokasi baru di Desa Setoko Kecamatan Bulang, Kota Batam.
Berdasarkan Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan No : Per.10/MEN/2006 Tanggal 12 Januari 2006 resmi menjadi Balai Budidaya Laut Batam
